Leczenie zależne jest od fazy dolegliwości (ostra, przewlekła). Zanim jednak rozpocznie się terapię należy dokładnie zbadać pacjenta, zarówno statycznie jak i dynamicznie. W badaniu statycznym trzeba uwzględnić wszelkie zaburzenia ustawienia kończyn i tułowia. W dynamicznym należy ocenić siłę oraz zakres ruchu w poszczególnych stawach łańcucha kończyny dolnej i miednicy. Istotna jest również ocena wzorców ruchowych, w szczególności tych związanych z jego aktywnością sportową. Funkcja mięśni posturalnych i stabilizacyjnych jest również ważna w kontekście leczenia przyczynowego. Wszystkie te elementy są częścią oceny czynników wpływających na pojawienie się MTSS. Ponieważ przyczyna powstawania zespołu jest nadal niejasna, trzeba je uwzględnić już na początku i podjąć odpowiednie kroki w celu ich korekcji.

Faza ostra

W fazie ostrej można zastosować kule, jeśli jest obecny ból podczas chodzenia. Dodatkowo stosuje się okres odciążenia i chłodzenia. Dla wielu sportowców nie są to jednak idealne środki lecznicze, ze względu na element roztrenowania. Dlatego można spróbować zmniejszyć obciążenia, wprowadzić trening interwałowy, lub na czas leczenia zmienić charakter obciążenia – bieg w wodzie, pływanie, jazda na rowerze, bieg po miękkiej nawierzchni. Szerokie zastosowanie ma tutaj również terapia manualna, której zadaniem jest poprawa lokalnej trofiki oraz zmniejszenie napięcia okolicznych tkanek mięśniowych oraz likwidację punktów spustowych bólu.

Faza ostra trwa w zależności od wielkości uszkodzenia od 2 do 6 tygodni. W celu zmniejszenia objawów bólowych poza fizykoterapią stosuje się niesterydowe leki przeciwzapalne (NSAID).

Faza przewlekła

W fazie przewlekłej należy skupić się przede wszystkim na korekcji błędów treningowych. Od razu redukuje się dystans biegu o 50%, co zdecydowanie zmniejsza dolegliwości pacjenta. Początkowo zabronione jest bieganie po nierównej, twardej nawierzchni. Można nadal stosować dodatkowo trening interwałowy, lub w wodzie. Stopniowo w ciągu tygodni zwiększa się obciążenia, wracając do normalnego cyklu ćwiczeń. Istotne jest zakupienie odpowiedniego obuwia, absorbującego część impaktu podczas kontaktu stopy z podłożem. Czas ten powinien również zostać wykorzystany na korekcję techniki sportowej. Ważne są wszystkie elementy posturalne, zaczynając od ustawienia głowy, a kończąc na stopie. Zmiana ustawienia stopy podczas kontaktu z podłożem, może zdecydowanie zmniejszyć siły przenoszone na piszczel. Utrwalenie korekcji w/w elementów powinno być prowadzone przez odpowiedni trening proprioceptywny. Może on być nacelowany na poszczególne elementy stawowe, ale nie należy zapomnieć o napięciu centralnym (tułowia), bez którego nie jest możliwa odpowiednia kontrola stawów obwodowych. Rozciągnięcie tylnej grupy mięśni goleni jest również istotną częścią rehabilitacji. Zwiększenie elastyczności tkanki spowoduje lepszy rozkład sił na poziomie podudzia. Nie należy zapominać o sile, a zwłaszcza o wytrzymałości siłowej w/w grupy mięśniowej. W szczególności należy ją ćwiczyć poprzez napięcia ekscentryczne, bo to one stanowią największe wyzwanie dla układu mięśniowego. W przypadkach dużych wad ustawienia stopy, bez możliwości korekcji czynnej należy zastosować wkładki. Podczas całego programu rehabilitacji celowe jest stosowanie technik tkanek miękkich w celu przyspieszenia procesu leczniczego i zmniejszenia bólu.